Федор родился в семье прославленного кинорежиссера Сергея Бондарчука и народной артистки России Ирины Скобцевой, в которой уже подрастала старшая сестра Алена.
В школьные годы Бондарчук слыл хулиганом, но это не помешало окончить ему художественную студию.
За высшим образованием Федор планировал поступить в МГИМО, но не прошел по конкурсу, поэтому выбрал режиссерский факультет ВГИКа, где был зачислен в мастерскую Игоря Таланкина.
Курс, на котором учился Бондарчук-младший, впоследствии дал российскому кинематографу знаменитых деятелей искусства, таких как Иван Охлобыстин, Рената Литвинова, Александр Баширов.
Учебу в вузе пришлось прервать из-за службы в армии. Завершал обучение молодой режиссер уже как выпускник курса Юрия Озерова.
Начало карьеры
В 1987, отдав долг Родине, Федор продолжил учебу в вузе, но теперь в режиссерской мастерской Юрия Озерова.
На фоне происходивших событий и постепенной потери отцом былого влияния и авторитета ему приходилось делать все возможное, чтобы доказать свою самостоятельность и профессиональную
состоятельность, опровергая бытующее мнение, что дети гениев обязательно должны быть бездарями.
В 1989 он сыграл в двухсерийной эпопее наставника «Сталинград», посвященной важнейшей битве ВОВ. Его коллегами по съемкам были Арчил Гомиашвили, Любомирас Лауцявичюс, Михаил Ульянов, Андрей Смоляков.
Во время учебы он также снялся в драматической киноленте Тиграна Кеосаяна «Солнечный берег», посвященной проблеме дедовщины. Он сыграл роль солдата-срочника, не выдержавшего издевательств и сбежавшего из армии.
Позже артист играл в фильмах и других своих сокурсников. К примеру, он перевоплотился в фотографа-гея Рому в психологическом детективе Ивана Охлобыстина «Арбитр», где также снимались Ролан Быков, Александр Соловьев, Римма Маркова.
В 1991 актер завершил обучение в вузе, но не сдал госэкзамен по истории КПСС и диплома не получил. Документ об окончании ВГИКа ему вручили позже, в 2009.